认定机构由各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门组成。它的主要职责是：负责本行政区域内的高新技术企业认定（复审）工作；接受企业或主管税务机关提出的高新技术企业资格复核申请，并进行复核；负责对已认定的高新技术企业进行监督检查，受理、核实并处理有关举报；选择参与高新技术企业认定工作的专家；通过会商制度及时解决高新技术企业认定及税收政策落实中出现的有关问题。