高新技术企业的认定机构是以网报和书面材料这两个部分进行划分的。网报部分（高新技术企业认定管理工作网）：科技部、财政部、税务总局 。书面材料部分：各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门及本级财政、税务部门。即科委（科技厅）、财政局、地税局和财务局。

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